مهمترین آفت مناطق زعفران کار کنه زعفران است که هر ساله خسارت بالایی را به زعفران کاران تحمیل می کند.
کنه زعفران جزو آفات مکنده است و باعث زرد شدن زودهنگام سبزینه زعفران و رشد کم سبزینه زعفران
کنه زعفران با تغذیه از شیره گیاهی باعث انهدام کامل پیاز زعفران می شود و اکثرا در مناطقی که از کودهای دامی نپوسیده الخصوص مرغی و گوسفندی استفاده می شود، شیوع بالایی دارد. بهترین راهکار برای مبارزه با آن، ضدعفونی پیاز قبل از کاشت با کنه کش های مخصوص زیر نظر کارشناس گیاه پزشکی است و ضدعفونی کردن با کود دامی(گاوی) قبل از انتقال به مزرعه زعفران هم باید انجام شود (بهترین فصل استفاده از کود دامی(گاوی پوسیده) در مهر ماه قبل از آب گل می باشد).