زعفران به خصوص بعد از آسیاب شدن باید دور از نور و رطوبت و در ظرف شیشه ای نگهداری شود، زیرا با توجه به این که اسانس (مواد معطر) زعفران قابل تبخیر شدن است در صورت نگهداری نامناسب، به مرور زمان عطر آن تبخیر شده و از اثرات دارویی و طعم و مزه آن کاسته می‌شود و مرغوبیت آن از دست می رود.